本发明公开了一种用于治疗仔猪腹泻的中药微生态制剂及其制备方法。所述中药微生态制剂由中药饮片原料经粉碎、首次接种、固态发酵、水提、灭菌、二次接种、液态发酵制成，所述中药饮片原料包括以下重量份数的组分：白头翁55～65份、黄柏25～35份、黄连40～50份、秦皮55～65份、苍术10～20份、泽泻40～50份、木通40～50份、陈皮15～25份、黄芪55～65份、党参25～35份、白术25～35份、茯苓25～35份、甘草10～20份，所述首次接种为接种植物乳杆菌菌种和酵母菌菌种的混合物，所述二次接种为接种植物乳杆菌菌种。所述中药微生态制剂能够有效治疗仔猪腹泻，从而提高了仔猪成活率和生产性能。